儀器誤差：儀器誤差主要是由于儀器不準所導致的，例如儀表刻度盤分度不準確或者零點不準，就會導致檢驗結果偏小或者偏大的情況，這種誤差是一個恒值;電子天平使用時間過長后如果沒有進行校準，則必然會出現稱量誤差;玻璃量器沒有經過質量以及刻度的檢驗，從供應商買來后進行進行使用等均會造成儀器誤差的出現。
試劑誤差：試劑誤差主要是由于試劑不純或者無法達到實驗要求所導致的，例如食品理化檢驗過程中使用的試劑存在雜質，或者蒸餾水、試劑中存在會影響檢驗結果的干擾物，或者由于儲存或者操作環境所導致的試劑變化等均會造成試劑誤差。
產品檢測效能低由于食品的特殊性，特別是預包裝食品，檢測后就會失去食用價值，因此只能依靠抽樣檢測結果來推斷其總體水平。這樣就會存在抽樣誤差的問題，特別是目前我國的初級農產品，由于分散式種、養，一個樣品并不一定具備代表性。例如對豬肉中進行抽樣檢測，如果這些豬是從不同養殖戶那分散收購的，那么抽樣檢測幾乎沒有意義，即使抽樣率為90%，合格率是100%，也不敢肯定剩下的10%一定沒有問題，這樣就會使檢測的效能大大降低。
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